지난 4월 22일 최 회장과 두 딸이 한진해운 잔여 지분 0.39%를 전량 매각했다고 공시해 금융위원회가 최은영 전 한진해운 회장(현 유수홀딩스 회장)이 미공개 정보를 이용해 한진해운 주식을 처분했는지 여부를 밝혀내기 위해 검찰에 수사를 의뢰했다. 지난달 4일 금융위원회 자본시장조사단은 최 회장의 휴대폰 통화기록과 이메일 접속기록 등을 확인하고, 대검에 분석의뢰를 요청했다. 이에 앞서 4월 28일 금융위원회 자본시장조사단은 최 회장 본인과 유수홀딩스, 한진해운에 대한 조사를 진행했다. 금융당국은 최 회장을 비롯한 조사 대상자들의 휴대전화와 컴퓨터, 관련 서류 등을 확보했다. 이번 조사는 한진해운의 자율협약 신청 결정시기, 최 회장의 고의적인 주식처분 여부에 초점이 맞춰진다. 그러나 최 회장 측은 강하게 부인하고 있다. 조수호 전 한진해운 회장의 별세 후 주식 상속세에 대한 대출금을 마련하기 위해 최근 잔여주식을 팔았다는 것이다. 하지만 한진해운 잔여지분 처분시점이 자율협약 신청 직전이므로 미공개 정보 이용 가능성이 크다고 보고 있다.

25일 금융위 자본시장조사단이 정식조사에 착수해 신속하게 현장조사까지 진행했지만, 늦장 대응과 함께 압수수색권을 적극적으로 행사하지 않고 피조사자의 협조를 구하다 최 회장에게 대응할 시간을 벌어준 점 등에 대해 논란이 일고 있다. 금융당국은 대주주의 도덕적 해이를 드러내는 사건으로 비화할 수 있다는 점에서 강도 높은 조사를 실시할 예정이다. 현재 최 회장의 스마트폰은 일부 한진해운 임직원들의 스마트폰도 함께 대검 산하 국가디지털포렌식센터(NDFC)로 보내졌다. 이와 함께 컴퓨터 하드디스크 자료도 복사본 형태로 대검에 분석을 의뢰한 것으로 전해졌다. 2013년 자본시장조사단 출범 후 디지털 자료 분석을 대검에 의뢰한 것은 작년 6월 대형 회계법인에 대한 압수수색 이후 이번이 두 번째다. 금융당국은 분석 결과 최 회장 측이 증거를 인멸한 정황이 드러나면 자택과 사무실 등의 압수수색에 나설 방침이다. 최 회장 일가가 한진해운 주식 사전처분을 통해 회피한 손실액은 10억원 가량으로 추산된다.